Ejen Ali mengisahkan seorang pelajar sekolah rendah berumur 12 tahun yang tanpa sengaja melibatkan dirinya dalam dunia perisikan. Semuanya bermula apabila Dos seorang agen wanita jahat yang cuba mencuri sebuah alat berteknologi tinggi yang mampu mengubah dunia iaitu I.R.I.S...
