Ejen Ali mengisahkan seorang pelajar sekolah rendah berumur 12 tahun yang tanpa sengaja melibatkan dirinya dalam dunia perisikan. Semuanya bermula apabila Dos seorang agen wanita jahat yang cuba mencuri sebuah alat berteknologi tinggi yang mampu mengubah dunia iaitu I.R.I.S (Infinity Retinal Intelligence System) yang dicuri daripada pusat latihan M.A.T.A (Meta Advance Tactical Agency).
Ketika Dos cuba menyerahkan alat itu kepada rakannya, tanpa dirancang Ali telah mendapatkan bungkusan berisi I.R.I.S. Ejen Dos dan Trez cuba mendapatkannya kembali tetapi di dalam insiden itu, Ali telah mengaktifkan sistem IRIS sehingga hanya dirinya sahaja mampu menggunakan alat tersebut.
Oleh sebab itu, Ali terpaksa menjadi ejen baru M.A.T.A dan menyelamatkan Bandar Cyberaya dari sebarang ancaman bahaya. Malah menerusi tugasan barunya itu nanti, Ali bakal menemui potensi dirinya yang sebenar.
Uno dan kuncu-kuncunya Dos, Trez dan Dr.Aaron telah menyerang pusat agensi M.A.T.A. Ejen Rizwan yang cuba menghalang Uno ternyata tidak mampu menghalang kemaraan Uno untuk mendapatkan IRIS daripada Ali. Rahsia identiti pengkhianat agensi M.A.T.A telah terbongkar. Rupa-rupanya Ejen Jenny adalah pengikut Uno yang ditugaskan untuk mengintip dari dalam. Comot dan Ejen Bakar datang demi menyelamatkan Ali.
Tonton Online Ejen Ali Musim 2 Episod 1 - Misi : AKADEMI
Ejen Ali Musim 2 Episod 1 - Misi : AKADEMI (Bhg 1)
Ejen Ali Musim 2 Episod 1 - Misi : AKADEMI (Bhg 2)
Ejen Ali Musim 2 Episod 1 - Misi : AKADEMI (Bhg 3)
