Ejen Ali mengisahkan seorang pelajar sekolah rendah berumur 12 tahun yang tanpa sengaja melibatkan dirinya dalam dunia perisikan. Semuanya bermula apabila Dos seorang agen wanita jahat yang cuba mencuri sebuah alat berteknologi tinggi yang mampu mengubah dunia iaitu I.R.I.S (Infinity Retinal Intelligence System) yang dicuri daripada pusat latihan M.A.T.A (Meta Advance Tactical Agency).
Ketika Dos cuba menyerahkan alat itu kepada rakannya, tanpa dirancang Ali telah mendapatkan bungkusan berisi I.R.I.S. Ejen Dos dan Trez cuba mendapatkannya kembali tetapi di dalam insiden itu, Ali telah mengaktifkan sistem IRIS sehingga hanya dirinya sahaja mampu menggunakan alat tersebut.
Oleh sebab itu, Ali terpaksa menjadi ejen baru M.A.T.A dan menyelamatkan Bandar Cyberaya dari sebarang ancaman bahaya. Malah menerusi tugasan barunya itu nanti, Ali bakal menemui potensi dirinya yang sebenar.
Dr.Aaron memperkenalkan kepada Dr.Tong alat mengawal minda manusia dengan tujuan memajukan spesies manusia namun ideanya telah ditolak oleh Dr.Thong kerana ia menghalang kebebasan dan kemanusiaan. Dr.Tong telah memecat Dr.Aaron menyebabkan dia turut menjadi mangsa kawalan minda alat ciptaan Dr.Aaron.
Ali mula berlatih dengan uncle Bakar dan dia berminat dengan teras-teras yang terdapat dalam M.A.T.A. Di pusat bawah tanah M.A.T.A, Ali telah diarahkan menjalan misinya yang pertama untuk pergi ke menara Alpha dan gunakan I.R.I.S untuk mengumpulkan maklumat bagi memudahkan ejen M.A.T.A yang lain bertindak menyelamatkan Dr.Tong yang disyaki telah berlaku sesuatu yang 'ganjil' kepadanya.
Tonton Online Ejen Ali Episod 2 - Misi : ALPHA
Ejen Ali Episod 02 - Misi : ALPHA (Bhg 1)
Ejen Ali Episod 02 - Misi : ALPHA (Bhg 2)
Ejen Ali Episod 02 - Misi : ALPHA (Bhg 3)
